Tháng 8 năm Bính Ngọ (1786), Nguyễn Nhạc ra Thăng Long rồi bất ngờ cùng Nguyễn Huệ bỏ vào Nam mà không hề báo cho Chiêu Thống. Chiêu Thống không đủ uy tín và tài năng để khôi phục lại vương quyền, dẫn đến cảnh "hào mục các nơi chiếm giữ châu quận, chiêu tập binh mã, đều mượn danh nghĩa "bảo vệ"[1]; những hạng vô lại đánh giết lẫn nhau, trong nước thành ra rối loạn". Thêm vào đó, dư đảng của họ Trịnh là Trịnh Bồng lại nổi lên, được vua triệu về triều, dần dần lấn át quyền hành của vua. Chiêu Thống cũng hiểu được đây là cơ hội khôi phục lại hoàng quyền chính thống của nhà Lê. Tháng Chín năm Bính Ngọ Chiêu Thống năm thứ nhất (1786), trước yêu cầu phong vương của Trịnh Bồng, vua cự tuyệt và nói:

Tuy nhiên, trước áp lực từ triều thần cùng lực lượng quân đội ủng hộ Trịnh Bồng do Đinh Tích Nhưỡng chỉ huy kéo từ Hải Dương về Thăng Long, Chiêu Thống buộc phải nhượng bộ và phong cho Bồng là Nguyên soái, Tổng quốc chính, Yến Đô vương. Tuy nhiên, bản thân Trịnh Bồng cũng không nắm được thực quyền, việc quyết đoán nằm cả ở trong tay người thực sự nắm giữ quân đội là Đinh Tích Nhưỡng. Tích Nhưỡng vốn là tướng võ biền, dẫn đến việc cai trị càng rối loạn hơn: "Ngay giữa ban ngày, thủ hạ ra sức cướp bóc dân cư gần kinh thành, không có hiệu lệnh ngăn cấm. Mọi người đều cho là không còn hy vọng gì cả".[1] Trong khi đó, Chiêu Thống một mặt tự đề phòng cho bản thân, một mặt bí mật xuống chiếu cần vương, cử người vào Nghệ An thăm dò ý định của trấn thủ Nghệ An là Nguyễn Hữu Chỉnh.

Tình trạng "bằng mặt mà không bằng lòng" giữa Chiêu Thống và Trịnh Bồng thể hiện qua sự kiện bổ nhiệm và đặt tên gọi quan lại sau đó. Chiêu Thống tìm cách nắm lấy binh quyền, nhưng Đinh Tích Nhưỡng, câu kết với Hoàng Phùng Cơ, mượn tiếng đem quân từ Sơn Tây về bảo vệ kinh thành, gây áp lực buộc nhà vua phải trở lại hệ thống cai trị cũ trước kia với quyền hành thực sự nằm cả trong tay chúa Trịnh.

Khâm định Việt sử Thông giám cương mục nhận xét:

Mâu thuẫn giữa cung vua và phủ chúa lên đến đỉnh điểm và bùng phát thành bạo lực vào tháng 11 năm Bính Ngọ (1786), sau sự kiện Dương Trọng Khiêm. Khiêm là một trong những người ủng hộ mạnh mẽ việc khôi phục quyền hành của chúa Trịnh và được Trịnh Bồng đền đáp bằng chức coi giữ bộ Hộ, trông coi về tài chính, thuế khóa. Tuy nhiên, do lo sợ nhà vua khôi phục lại quyền lực, Khiêm xui Trịnh Bồng làm việc phế lập. Bồng nghe theo, sai Nguyễn Mậu Nễ và Bùi Nhuận đang đêm đem quân vào cung khuyết. Hoàng Phùng Cơ nghe tin, sợ bị mang tiếng xấu cùng phe với quân tạo phản, đem quân chặn Mậu Nễ. Mậu Nễ không dám đánh, buộc phải lui quân.

Sau sự kiện đó, Chiêu Thống chính thức có chiếu thư cho Nguyễn Hữu Chỉnh kêu gọi đem quân cần vương. Chỉnh vốn là tay gian hùng, bỏ nhà Lê theo Tây Sơn, rồi lại dẫn Tây Sơn ra Bắc Hà, nhưng cũng không được Tây Sơn tin tưởng. Khi Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ rời Thăng Long vào nam đã không cho Chỉnh biết. Chỉnh phải chạy theo về, rồi được bổ làm trấn thủ Nghệ An, cũng là việc bất đắc dĩ. Đến đây, Chỉnh tiếp được mật chỉ, thấy là cơ hội không thể bỏ qua, lập tức truyền đi các nơi, lấy danh nghĩa nhà Lê mộ quân, trong "khoảng mười ngày, mộ hơn được một vạn lính".[1] Chỉnh đem quân tiến ra Bắc, nhanh chóng đập tan mọi kháng cự của Trịnh Bồng và Đinh Tích Nhưỡng, được Chiêu Thống đích thân ra khỏi thành đón tiếp.